El Liceo “San Francisco de Asís” de Arauco es una institución educacional católica que pertenecía a las Hermanas Terceras Franciscanas Misioneras de la Inmaculada, congregación religiosa que oficiaba de entidad sostenedora. A partir de la reforma y de promulgación de la ley de Inclusión, se cambia la sosteneduría a la Fundación Educacional Liceo San Francisco de Asís de Arauco, representada legalmente por la Hna. Nayer Elgueta Llanos.
Como establecimiento educacional fue creado el 11 de febrero de 1934, gracias a la generosidad de la señorita María Gaete, quien donó el local donde funcionaría el establecimiento que pasó a llevar su nombre. Sus fundadoras fueron: Hna. Marta Hurtado, Hna. Anita Fernández, Hna. Mercedes Lagniel, Hna. Modesta Paz y Hna. Mariana Pavez pertenecientes a la Congregación de Hnas. Terceras Franciscanas Luego de hacer entrega una casa se su propiedad iniciar las labores educativas, la srta. María Gaete enfermó gravemente, falleciendo en marzo del mismo año, a la edad de 80 años.
Las religiosas comienzan su ardua labor transformando la casa en un pequeño Colegio. Así, el 15 de abril de 1934 se realiza su bendición, con la presencia del señor Obispo de la Diócesis de Concepción, Monseñor Alberto Fuenzalida Guzmán, quien preside la solemne ceremonia. Se le da el nombre de Colegio “María Gaete”, en honor a la distinguida benefactora.
En 1956 se construye un pabellón para local de internado, otro para salas de clases y un segundo piso para dormitorios de pensionado. En 1960, el terremoto deteriora gran parte del edificio, salas de clases y capilla. Con préstamos de CORVI se reconstruye lo necesario y se hace una hermosa construcción con comedores, baños, cocina y salas de clases. Para las Bodas de Diamante, como un regalo a la Congregación, el gobierno le condona la deuda.
En 1985 se crea el 1° Año de Enseñanza Media, gran desafío para la comunidad educativa, pasando así a ser Liceo “María Gaete” de Arauco. El esfuerzo y las largas horas de trabajo de las Hnas. y Profesores se ven coronados con la Licenciatura del primer 4° Año de Enseñanza Media, en diciembre de 1988. En mayo de 1995, como una forma de simbolizar y destacar el espíritu rector que anima al Colegio, se cambia legalmente el nombre de Liceo “María Gaete” por el de “San Francisco de Asís”. En el año 2003 asume el cargo de Directora del establecimiento, la Hna. María Eufemia Belismelis y desde el año 2012 asume la dirección la hermana Nayer Elgueta Llanos, quien el año 2016 nombra como directora a la señora María Isabel Segura Díaz.
Es importante destacar que el año 2008 se instaura el convenio de Subvención Especial Preferencial (SEP), a través del cual el liceo recibe aportes extraordinarios del Ministerio de Educación que se invierten en un Plan de Mejoramiento que involucra inversiones en el perfeccionamiento docente, en contratación de profesionales que apoyen a los alumnos como psicólogos, fonoaudiólogos, psicopedagogos, asistente social, etc, y finalmente en dotar de implementos que favorezcan los métodos de enseñanza para lograr mejores aprendizajes.
Mediante el Decreto 170 de Integración Educativa se implementa el Proyecto Pedagógico para dar apoyos específicos, con equipos profesionales multidisciplinarios, a los niños y niñas con dificultades de aprendizaje, desde la enseñanza pre básica hasta cuarto año medio, se atiende 190 alumnos.